透視電鏡檢查主要看表皮疣體病變處角朊細胞體積增大、核肥大，核仁明顯。棘細胞形態不一，細胞增大，核較大，有雙核，核仁明顯，并見核仁邊聚，胞漿內線粒體大小不一，多少不等，或結構模糊，甚至消失。基質呈不同程度空泡化，一些基質內見髓樣小體。胞漿內張力微絲增多，有些聚集成束。胞核內可見空泡。這些細胞的突起和微絨毛增多，核周間隙增寬，糖原脫顆粒，僅見少量粗面內質網。細胞漿內出現大量空泡，細胞間隙增寬，呈現凹空細胞外觀。表皮凹空細胞的超微結構改變主要是細胞增大，核較大，核膜欠規則，易見核小體和染色質間顆粒。近淺層者核染色質凝聚，核周圍胞漿中細胞器稀少，線粒體空泡化，糖原顆粒簇消失，出現空泡和形成透亮區。有的顆粒呈晶格狀排列，有的則散發于核內。
透視電鏡檢查關鍵是發現人類乳頭瘤病毒顆粒，人類乳頭瘤病毒病毒顆粒主要位于顆粒細胞或棘細胞的胞核內，也有胞漿內者。病毒顆粒呈球狀，直徑40～50厘米，具有電子致密核心和衣殼，無囊膜，排列規則。發現人類乳頭瘤病毒病毒顆粒即可確診，但無發現不能排除。自1968年用電鏡在細胞核內發現人類乳頭瘤病毒以來，電鏡在觀察尖銳濕疣的形態學方面起著重要作用。電鏡檢出人類乳頭瘤病毒顆粒的陽性率低的原因有：
①臨床醫師取材小。
②人類乳頭瘤病毒在細胞內外處于不同的階段，在沒有復制完全以前，電鏡下不易發現病毒的前體物質。由于價格昂貴，陽性率低，目前只用于實驗研究。