此法主要是用抗體(大多為人類乳頭瘤病毒免疫動物后產生的多克隆抗體)查人類乳頭瘤病毒抗原和篩查人類乳頭瘤病毒類型，所用的方法有PAP法、ABC法、PAAP法等，前兩者較常用，經過組織切片、染色等一系列處理后，在空泡化細胞核內見到棕色顆粒狀沉著為陽性，主要分布于表皮淺層及角化不全的角質層內，數目多少不一，多呈灶狀分布，個別為散在分布。陽性對診斷有意義。陽性反應為只限于細胞核內棕色著色，如果胞漿顯淺著色，為非特異染色。
在組織切片中人類乳頭瘤病毒檢出率高于細胞涂片，在不彩虹別和不同年齡的患者中人類乳頭瘤病毒檢出率無差異。目前用于檢測人類乳頭瘤病毒抗原的抗體主要由人類乳頭瘤病毒1型免疫動物后所產的多克隆抗體，由于具有共同抗原，人類乳頭瘤病毒間存在著廣泛的交叉反應。
人類乳頭瘤病毒核殼抗原檢出率低的原因可能是：
①該方法只能是確認僅在后期病毒顆粒產生時出現的衣殼蛋白，這種情況只是人類乳頭瘤病毒生活周期的一個階段。
②本法檢測的核殼抗原不是所有受人類乳頭瘤病毒感染的細胞都能表達。
③衣殼抗原的表達與上皮細胞的分化程度相關。有人對上皮增生不良及癌樣病變進行檢測，發現該衣殼抗原的表達與上皮細胞的分化程度成反比，這一發現與衣殼抗原只出現在分化的角質形成細胞核內，通常是發育充分的空泡化細胞核內的現象一致，只有在組織學檢查中存在發育完全的空泡化細胞增多時才產生陽性反應。表明該抗原的表達受上皮細胞分化狀態的影響。
④取材局限，有人對尖銳濕疣皮損多處取材檢查，發現其陽性率隨之增高。如取材達4處以上，其陽性率可達100%。
⑤標本經甲醛固定和制片過程的處理，抗原或多或少受破壞。