在長期的診治過程中，人們不斷地總結經驗，在重視臨床感染的同時，也注意了亞臨床感染。臨床感染的疣體僅僅是代表大冰山上的頂峰，而大量的亞臨床感染尚未被發現。由于亞臨床感染的概念尚不一致，故較難統計其實際的感染率。
亞臨床感染是指上皮細胞已被人類乳頭瘤病毒感染，組織學檢查已有變化，但尚未出現肉眼可見的病變。也有認為亞臨床感染，即扁平狀濕疣，不卵助輔助檢查難以見到，或肉眼不易辯認的病變，或容易被忽略的損害等等。可經醋酸白試驗來加以區別。
一般認為，亞臨床感染**具備三個條件：一是上皮細胞已被人類乳頭瘤病毒感染且存在著組織學上的相應病變。二是臨床上出現容易被忽略的或不易被辯認的損害。三是醋酸白試驗陽性。扁平狀濕疣患者可出現斑狀損害，形態可不規則，但邊緣清楚，有的在發白試驗前很難發現到，但發白后顯示扁平狀濕疣，有的隱約可見，經發白后非常清楚可辨。微小無蒂疣的直徑1～3毫米，可以單個或多個，肉眼容易忽略，但發白試驗后則發現明顯的疣體。有的微小乳頭狀疣患者局部有乳頭狀隆起，但外觀不易辯認，發白試驗則一目了然。
這些所謂亞臨床感染者，絕大部分是在生殖器、肛門部位。非生殖器、肛門部位尚難見到。亞臨床感染常常與臨床感染同時存在，也可以互相演變。因此，在診治臨床感染的同時，要注意亞臨床感染的可能存在。一旦發現，即應同時進行治療。