尖銳濕疣的初期，患者往往沒有不適的感覺，有時不能引起尖銳濕疣患者的足夠重視。但如果治療不及時，會引起一下了并發癥。
(1)潰瘍、出血;病變增大、增多后，可引起局部的異物和不適感。由于發病的部位多在包皮內、尿道回、陰唇、陰道內、肛周等，這些部位容易受微生物感染，導致病變部位的潰瘍、化膿、出血、疼痛和腫脹。
(2)傳染嬰兒、影響生育質量;患育生殖道疣的孕婦，在分娩時，通過產道的嬰兒可能被傳染，引起嬰幼兒的咬吸道疣。
(3)非生殖器部位的乳頭狀瘤;通過直接接觸或被污染的物品的間接接觸，可以導致眼結膜的乳頭狀瘤和口腔粘膜的乳頭狀瘤。
(4)癌變;惡性腫瘤是尖銳濕疣最嚴重的并發癥。HPV16、18型感染后，如果治療不及時，在將來很可能導致陰^莖癌，宮頸癌等惡性腫瘤，早期徹底治療是預防尖銳濕疣癌變的最有效方法。