(1)男女兩性外生殖器部位可見的中等以下大小的疣體(單個疣體直徑小于0.5 厘米，疣體團塊直徑小于1厘米，疣體數目小于15個)，一般外用藥物治療。
(2)男性的尿道內和肛周，女性的前庭、尿道口、陰道壁和宮頸口的疣體。或男女兩性的疣體大小和數量均超過上述標準者，建議用物理方法治療。
(3)對于物理療法治療后，尚有少量疣體殘存時，可再用外用藥物治療。
(4)無論是藥物治療或物理治療，**做醋酸白試驗，盡量清除包括亞臨床感染在內的損害，以減少復發。
(5)孕婦尖銳濕疣的治療：在妊娠早期應盡早治療。在臨近分娩仍有皮損者，如阻塞產道，或陰道分娩會導致嚴重出血，則應考慮剖宮產。足葉草毒素、足葉草酯、5氟尿嘧啶有致畸作用，孕婦禁用。咪喹莫特對孕婦的安全性尚未確定。
尖銳濕疣的自然轉歸形式：自行消退、保持不變、大小及數目增加。部分患者未進行任何治療也可愈合。目前的尖銳濕疣治療方法可以降低傳染性，但可能不能根除其感染性。應根據患者的病情和要求、可用的資源及醫師的經驗，合理選擇治療方法。患者多合并其他感染，治療前應進行必要的檢查，局部合并有炎癥或其他感染時，應先控制其他感染及炎癥，以免導致治療后皮損擴散。治療后應進行隨訪，無論用何種方案治療，一旦疣體被除去，應保持局部清潔和干燥，促進創面愈合，可局部外用抗生素軟膏，必要時可口服抗生素，以防繼發細菌感染。
尖銳濕疣的預后一般良好，雖然治療后復發率較高，但通過正確處理最終可達臨床**。