宮頸的人類乳頭瘤病毒的臨床感染和亞臨床感染可經宮頸涂片，男性患者多采用病灶刮片，尿道口印片等檢測。鏡下特征為：
①病毒包涵體：脫落鱗狀上皮細胞核內或核旁胞漿內可見圓形、橢圓形大小不等均質紅染質塊，此即為包涵體，包涵體的形成被認為系核膜破裂后從裂隙漏出的結果。
②凹空細胞：為變性的中表層鱗狀上皮細胞，其大小似正常細胞，呈單核、雙核或多核，核染色深，核周可見一寬窄不一的空暈，近細胞膜處呈深伊紅染色，凹空細胞為病毒侵入細胞后，細胞變性致使核周不含有細胞器而形成一透明帶。
③角化不良細胞：細胞深伊紅染，核小濃染。這三種形態改變的鱗狀上皮細胞是診斷尖銳濕疣的指征，而主要是尋找病毒包涵體作為診斷的依據。但臨床上應用較少。