1998年以來，以推廣應用國家金衛“軍字一號”工程(軍隊醫院信息系統網絡軟件)高級版為龍頭，按照數字化醫院要求，集中力量，有計劃、有步驟地大力推進醫院信息系統建設，有力地促進了醫院全面建設。幾年來，結合醫院數字化建設，我院在各種專業期刊及報紙上發表論文80篇。參與編寫專著3部，共獲得省、部級科技進步獎7項。醫院“九五”和“十五”均被總后衛生部評為全軍衛生信息化建設先進單位，2001年成為全軍醫院信息化研究與技術支持基地，2002年總后衛生部主管信息化建設的原副部長傅征同志撰文認為福州總醫院“基本實現了醫院數字化建設”。2005年成醫院被確定為全軍5家數字化示范試點醫院之一。

　　2003年12月，福建省科技廳對我院數字化建設組織的成果“數字化醫院整體解決方案”課題進行鑒定。由優秀計算機軟件專家、工程院院士陳火旺教授為主任委員的鑒定委員會認為：“該項目對我國數字化醫院的研究、開發、建設和應用具有良好的示范推動作用，在建設我國數字化醫院的整體研究上達到國內優秀和國際先進水平”。

　　2006年我院另一項研究課題成果“遠程醫療信息共享平臺及其支撐技術的研究”通過福建省科技廳組織的成果鑒定。由優秀計算機軟件專家、工程院院士戴浩研究員為主任委員的鑒定委