尖銳濕疣容易與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器皰疹樣丘疹病及珍珠樣丘疹病混淆。一旦誤診對患者造成很大精神壓力，所以應加以鑒別。
1.生殖器部位癌：多見于40歲以上或老年人，皮損邊界不清，有明顯的浸潤，常形成潰瘍，做病理組織學檢查可以鑒別。
2.扁平濕疣：為梅毒二期皮疹。為多個濕丘疹融合成片狀的皮損，多見于肛周，皮損處可查到梅毒螺旋體，梅毒血清試驗呈陽性反應。
3.假性濕疣：又稱女性絨毛狀小陰唇。本病特征是在女性小陰唇的內側為1～2毫米大小呈多發性、聚集性、顆粒狀，淡紅色的丘疹，如針鼻兒大小，融合成片，左右對稱分布;另一種表現如同絨毛狀凸起，外觀猶如機織的地毯絨毛。本病一般無自覺癥狀。多見于青年婦女，未婚和已婚均可發生，發病年齡主要在18～40歲之間。常出現白帶多，但呈蛋清樣，偶有癢感。其病因尚且不清，有人提出與霉菌的感染有關;也有人認為與外陰長期慢性的非特異性刺激或摩擦，導致腺體增生有關。其臨床表現顯然與尖銳濕疣的早期癥狀有明顯區別，但是，近年來被誤診為尖銳濕疣者并不少見。假性濕疣做醋酸白試驗呈陰性，病理學檢查也可以除外尖銳濕疣。
4.生殖器皰疹樣丘疹病：表現為生殖器部位多發性棕紅色小丘疹，直徑2～10毫米。外觀很像尖銳濕疣，但組織學檢查可以鑒別。
5.珍珠樣丘疹病：發生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹，如針頭及粟粒大小，皮色如淡粉或紅色丘疹。本病病因不明，常見于青年男性。組織病理學檢查可以排除尖銳濕疣。