(1)尖銳濕疣可以并發惡性變，流行病學資料表明，尖銳濕疣與生殖器癌之間有密切關聯，有報道說明 5%～10% 的外陰，宮頸，肛周濕疣經過較長時期后可出現癌變和發展為原位癌和浸潤癌，還發現15%陰莖癌，5%女性外陰癌是在原有尖銳濕疣的基礎上發生的，許多實驗研究也證明就是人類乳頭瘤病毒引起的，尖銳濕疣和生殖器癌三者之間是存在著因果關系的。
(2)本病常與其他性傳播疾病并發，約 1/3 尖銳濕疣患者同時患有淋病，梅毒，衣原體感染，滴蟲病等，應注意檢查，及時發現和治療。
尿道內尖銳濕疣通常無癥狀，但脆性損害可引起血尿，很大的疣體則會引起尿路梗阻，嬰兒和青春期的男女兒童可發生肛周濕疣，女性兒童可有外陰濕疣，喉部尖銳濕疣大多數病例報告發生在嬰兒，主要由HPV6和HPV11引起，病毒傳染途徑是經胎盤，圍生期或生后感染還不清楚，亞臨床感染絕大多數生殖道肛門人類乳頭瘤病毒感染是亞臨床的，組織細胞學方法也僅能檢出不到一半，更多的是核酸水平的亞臨床感染。