尿石癥的治療方法很多，應根據患者的全身情況、結石部位、結石大小、結石成分、有無梗阻、感染、積水、腎實質損害程度以及結石復發趨勢等來制訂治療方案。在結石比較小、沒有腎積水及其他并發癥，估計結石可以自行排出的情況下，常先進行中西醫結合治療。大部分患者經中西醫結合治療后，結石會自行排出。對經過一段時間治療，結石仍未排出的患者，應采取其他治療(如體外沖擊波碎石)或及時進行手術治療，以保護腎功能。對各種原因引起的代謝性結石應當根據具體情況選擇相應的藥物治療(如用藥物降低血、尿中的鈣、磷、尿酸、草酸、胱氨酸等)。
1.對雙側腎結石，先處理腎功能較好的一側結石;如兩側腎功能相似，則先處理容易手術的一側腎結石。
2.當同時有腎結石和輸尿管結石時(同側或雙側)，一般先處理輸尿管結石，然后再處理腎結石。
3.上尿路和下尿路結石同時存在時，如下尿路結石并未造成梗阻，則先處理上尿路結石;如上尿路結石還沒有影響腎功能，則可先處理下尿路結石。
另外，在中醫理論中，腎結石、輸尿管結石和膀胱結石統屬中醫范疇。其治療方法多以清利濕熱、通淋排石為主。常見的排石藥物主要以排石顆粒及其他制劑的中成藥為主，主要成分大多包括：石韋、冬葵子、瞿麥、滑石、車前子、金錢草、海金沙、雞內金、芍藥、甘草等。若尿中帶血可加小薊、生地、藕節等以涼血止血。